Перечень подпрограмм установлен для достижения целей и решения задач, определенных основополагающими документами в части развития агропромышленного комплекса, а именно для увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции и выполнения показателей Доктрины по направлениям сельскохозяйственного производства, рентабельность которых недостаточна для их самостоятельного эффективного развития.
Структура и перечень подпрограмм, а также включенных в Государственную программу федеральных целевых программ соответствует принципам программно-целевого управления экономикой, охватывает все основные сферы агропромышленного производства – производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое и информационное обеспечение, институциональные преобразования и социальное развитие сельских территорий, а также управление реализацией Государственной программы.
Состав подпрограмм и федеральных целевых программ рассчитан на комплексное развитие агропромышленного комплекса и его основных сфер, а также на получение высокого синергического эффекта в целом по экономике страны.