Реализация подпрограммы связана с определенными рисками. Основными рисками являются:
отклонение числа участников отдельных мероприятий подпрограммы от запланированного. Предусматривается ежегодная поддержка около 1,7 тыс. начинающих фермеров и порядка 150 семейных животноводческих ферм. Фактическое число желающих участвовать в мероприятиях может быть выше запланированного, так как отбор претендентов планируется осуществлять с помощью организации конкурсов. Предполагается, что конкурсы смогут обеспечить общественную открытость конкурсных отборов для повышения доверия населения к мероприятиям подпрограммы;
превышение количества заявок на оформление земельных участков крестьянских (фермерских) хозяйств. Средств, предусмотренных в Государственной программе, будет достаточно для оформления в собственность около 1 млн гектаров земель сельскохозяйственного назначения. Практически вся эта площадь должна быть оформлена до 2015 года. В последующие годы субсидии на эти цели не предусмотрены. Это будет сдерживать оформление земель, особенно при покупке фермерами земельных участков, находящихся в государственной и муниципальной собственности, так как выделение и оформление таких земель производится за счет приобретателя.