Все мероприятия подпрограммы предусматривают их софинансирование субъектами Российской Федерации. Федеральные средства перечисляются субъектам Российской Федерации только при условии выделения средств на соответствующие мероприятия субъектами Российской Федерации. Уровень софинансирования определяется по каждому мероприятию и изменяется от 20 до 50 процентов общих затрат на мероприятие.
Кроме предусмотренных в подпрограмме мероприятий субъекты Российской Федерации могут разрабатывать дополнительные мероприятия, которые будут финансироваться за счет бюджета субъекта Российской Федерации и других источников.
В ходе реализации подпрограммы по каждому мероприятию будет доводиться лимит средств из федерального бюджета и целевые индикаторы, которые должны быть достигнуты. Субъекты могут вносить коррективы в целевые индикаторы, что влечет за собой корректировку финансирования из федерального бюджета. Прогнозируемый объем расходов консолидированных бюджетов субъектов Российской Федерации на осуществление мероприятий подпрограммы в 2013 – 2020 годах составляет 41 554 110,91 тыс. рублей.
В реализации подпрограммы принимают участие открытые акционерные общества «Росагролизинг» и «Россельхозбанк».